有些疾病在早期与脑瘫症状相似，一些遗传代谢或退行性疾病可能是进展缓慢，如异染色质、脑白质营养低下、家族性痉挛性截瘫等，难以与脑瘫症状区分，可能被误诊。

除此以外，精氨酸酶缺乏则容易与双侧麻痹性脑瘫难以区分，戊二酸血症Ⅰ型与运动障碍性脑瘫症状相似。婴儿期肌张力低下者应与运动神经元低者麻痹区分开。还应特别注意低肌张力的婴儿的遗传代谢性疾病除外，痉挛性双瘫也可能需要与多巴胺反应性肌张力障碍区分鉴别。