诊断曲霉菌病主要是通过病原体检查以及病理组织检查。病原体检查就是取自患处的标本做直接涂片或者培养，在涂片中可以看到菌丝，曲霉菌孢子，这些表现提示曲霉菌感染。 培养可以看到曲霉菌生长，值得注意的是曲霉菌是实验室常见的污染源，有可能导致假阳性的结果，必须反复涂片或者培养，多次阳性并且为同一菌种才具有诊断价值，否则可能是污染所导致。

病理组织检查是取受损组织或者淋巴结进行活检，根据真菌形态进行确诊，尤其对播散性曲霉菌病，及时做出诊断。