肛周脓肿有可能会自行消退。一些感染症状并不严重的肛周脓肿，自身的免疫功能可以控制住感染，使脓腔内的脓液逐渐吸收，脓腔周围组织的炎性水肿也会逐渐消退，局部的肿痛症状也会缓解。

但脓腔位置最后会残留有一个硬结或者硬块，因为肛周脓肿的感染源位于直肠内的肛腺，此处称为肛周脓肿的内口。

内口和脓肿残留的硬结相通，即使肛周脓肿局部感染控制住，症状消失，后期还会因为内口处进入感染物质而再次复发，会出现反复的感染。最终患者只有通过手术治疗，才能完全治愈。