尿路感染、尿道炎、前列腺炎、尿道结石、输尿管下段结石等疾病，均有可能会引起小便刺疼。

当病原体感染泌尿系统，会引起泌尿系统黏膜充血、水肿。炎症所产生的毒素刺激膀胱，排尿时膀胱尿道收缩，牵拉引起小便炎性刺痛。

男性前列腺炎、前列腺包膜张力过大、盆底肌肉痉挛，排尿时尿液反流至前列腺内，会引起小便刺痛。

尿道结石、输尿管下段的结石，结石移动刺激泌尿系统的黏膜肌肉，以及结石嵌入黏膜内等因素会引起尿频、尿急、小便刺疼，有时还伴有腰痛及排尿费力等症状。