导致男性尿道痛的原因不同，治疗方法也有一定的区别。

如果男性尿道痛为非淋菌以及淋菌性的尿道炎所导致，在确诊以后，主要是通过使用抗生素类药物进行治疗，比如左氧氟沙星、阿奇霉素等，在必要时还应进行药敏试验，在治疗的过程当中，也要禁止性生活，避免出现交叉感染的情况。

如果尿道疼痛为尿道结石所引起，通常还伴有排尿困难、血尿等症状，在确诊以后应当进行排石处理。无论是存在感染，还是结石，在治疗的过程当中，患者都需要大量饮水、多排尿，有助于清除感染以及促进结石排出。