脑干梗塞采取的治疗方式和患者发病的时间、梗塞面积的大小以及原有的基础疾病等因素有关。

首先，如果脑干梗塞发病在4.5小时之内，没有溶栓禁忌，应立即使用溶栓药物溶栓治疗。当血管再通以后，一般不会有神经功能明显受损的情况。

其次，如果不适合溶栓治疗，可以采取保守治疗，例如使用抗血小板聚集、抗动脉硬化、脑保护等治疗。

如果做脑血管造影有明显的血管狭窄，可采取介入手术治疗。遗留有明显后遗症，应早期采取康复治疗，改善病情。