脑寄生虫病是有后遗症的，脑寄生虫的成虫、幼虫以及虫卵等，进入颅内后可以引发颅内的感染、占位及神经功能病变称为脑寄生虫病。脑寄生虫病的后遗症如下：

第一，寄生虫病引起颅内感染，虽经治疗但仍可能会导致患者出现头痛、头晕、智力的低下。

第二，脑寄生虫的感染及占位效应，可能导致患者肢体功能发生障碍及癫痫的发生。

第三，脑寄生虫可能会阻塞脑室，及导水管等脑脊液的循环通道，易出现脑积水发生。脑寄生虫病的治疗首先是药物杀虫治疗，再对于脑寄生虫病引发的后遗症进行对症治疗。