男性出现小便疼痛，最常见的是尿路感染，所以治疗上首先选择口服抗生素治疗。

最常用的抗生素包括了头孢类抗生素，如头孢地尼、头孢拉定等。喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星、司巴沙星。大环内酯类抗生素，如罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等。另外，可以配合一些具有清热、利湿、解毒作用的中成药，比如银花泌炎灵、热淋清颗粒、宁泌泰等。

如果小便疼痛是因为尿道结石所引起，就要口服一些具有排石作用的药物，比如排石颗粒。但是对于体积较大的结石，则需要通过微创手术治疗，通过口服药物保守的治疗，可能不能达到治疗的效果。