在临床上对于胆管良性肿瘤的病人，最主要的治疗方式就是手术切除治疗。但是，如果胆管的良性肿瘤发生在肝内胆管，在手术摘除的时候往往会比较困难。有的时候只能利用刮匙进行切除，不容易将肿瘤进行彻底切除，从而使胆管的良性肿瘤在手术之后容易发生复发。

如果是胆管的恶性肿瘤，比如胆囊癌的病人，在早期时候仍然是以积极手术治疗为最主要的治疗方案。治疗目的是尽可能清除肿瘤，恢复胆管的通畅。

有的时候，胆管癌的手术切除范围还可以扩大到肝脏的部分切除手术，从而使胆管癌的手术切除更加彻底。在手术之后，往往还需要进行胆管空肠的吻合手术，而化疗对于胆管癌大多数疗效并不理想。