溃疡性结肠炎的病因还未明确，但可能与肠道的免疫过度活跃有关，通常免疫系统通过识别和消灭细菌、病毒等有害物质来保护人体免受感染，但有时肠道的细菌和病毒会触发免疫过度活跃，使得免疫系统误攻击正常的肠细胞，引起炎症和溃疡。

其次是基因遗传，溃疡性结肠炎会家族性发病，因此，推测其与特定的基因有关，但目前尚未明确与疾病相关的特定基因。

同时环境因素的影响，某些环境因素也会导致引起溃疡性结肠炎的发生，例如高脂饮食、非甾体类抗炎药、避孕药都会轻微增加溃疡性结肠炎的发生风险，压力也被发现能增加该病的患病风险。