引起新生儿肠梗阻的原因有很多，不同原因引起的肠梗阻，其治疗方法也不同。由消化不良、肠炎、营养不良等引起的功能性肠梗阻，可以通过改善胃肠蠕动功能、抗炎、提高营养状态而得到好转。

如果是消化道畸形，如幽门肥厚、肛门闭锁、巨结肠等引起的肠梗阻，一般选择手术治疗，修复消化道畸形。

对于营养状态很差、感染症状较重，不宜手术的患儿，需要采取保守治疗方法，如禁食、禁饮、胃肠减压、抗感染、营养支持等治疗。