结肠镜不一定可以检查出便秘的。如果是由于功能性便秘引起的原因，结肠镜是检查不出来的，包括以下几方面：

1.饮食因素导致的便秘，如果患者平时喜欢吃高蛋白高脂肪的肉类，而吃的膳食纤维较少，吃了过多辛辣、刺激的食物导致的便秘，结肠镜是检查不出来的。

2.胃肠功能紊乱所引起的便秘，主要是由于肠道蠕动出现异常减慢，肠道的交叉神经受到了抑制，不能及时把大便往下推动排出。

3.肠道菌群紊乱所引起的便秘，结肠镜也是检查不出来的。

但是结肠镜可以检查出肠道导致便秘的一些原因，包括肠道狭窄、肠息肉、肠癌和肠道畸形，所引起肠腔不通畅所导致的便秘，或者肠道黏膜病变。这些因素所导致的便秘，通过结肠镜可以检查出来。