男性阴茎疼痛原因如下：

1.如果男性阴茎部位遭受了外力的撞击，或者在性生活当中动作过大，可能会导致阴茎部位损伤，就会引起阴茎疼痛，如果没有其它不适症状，无需进行其它治疗，患者要多注意休息，节制性生活可逐渐恢复正常。

2.如果男性存在包皮过长，并且不注意清洗包皮内部，可能会引起包皮龟头炎，使龟头部位出现疼痛、瘙痒等不适症状。

3.男性如果存在不洁的性接触时，可能会引起尿道炎，就会导致龟头部位出现疼痛、脓性分泌物、尿道烧灼感等症状。