尿道综合征和间质性膀胱炎的区别表现在发病的病因有所不同。尿道狭窄或者是慢性的膀胱炎，有可能会引起尿道综合征，而膀胱黏膜厚度减少，尿液刺激膀胱壁，有可能会导致间质性膀胱炎。

两者的病程也有所不同。尿道综合征发病的时间相对比较短，而间质性膀胱炎的病程往往比较长，有时候病人的病程可能会达到半年。

两者之间的症状也有所不同。尿道综合征主要表现为尿频、尿急、尿痛的症状；而间质性膀胱炎除了尿频、尿急、尿痛的症状以外，有时候还会伴有小腹的疼痛。

两者之间的检查也有所不同。尿道综合征做膀胱镜检查会显示出膀胱黏膜往往是正常的；而间质性膀胱炎做膀胱镜检查，有时会发现膀胱壁有溃疡，或者是膀胱充水的时候，会出现散在的出血点。