深度麻醉对人体造成的最大危害就是麻醉苏醒延迟，并造成中枢神经永久性损伤，这是深度麻醉一个不可避免的弊端。

麻醉苏醒延迟对身体的伤害还是非常大的，主要体现在中枢神经损伤和周围器官损伤两方面。中枢神经损伤在麻醉苏醒延迟中表现的尤为明显，因为脑苏醒其实也是有时间定量的，如果过长的时间没有苏醒则会导致大脑缺氧而造成永久性中枢神经损伤。

对于部分周围器官损伤则体现的呼吸系统为主，通常表现气道分泌物过多造成呼吸困难。