乳腺囊肿的治疗周期并不长。由于单纯性乳腺囊肿属于乳腺的良性病变，所以在治疗时只需要将囊肿完全切除即可。切除的过程中要注意将囊壁完整的去除，只有完整去除才能防止乳腺囊肿的复发。

但是有些囊肿其内部有囊性成分和实性成分并存，此时囊肿具有恶性的可能。当手术活检证实囊肿为恶性时，对于其治疗周期会比单纯的良性囊肿周期长。

手术以后根据收获的病理来进行放疗、化疗、靶向治疗和内分泌治疗等，总的治疗周期五到十年以上的时间才可以完成。