胃食管反流病是指胃十二指肠内容物反流入食管，引起以反酸、烧心为特征的临床综合症。胃食管反流病主要是食管贲门抗反流屏障机制下降，出现酸反流或碱反流。

胆汁反流亦称胆汁反流性胃炎，是指由于幽门括约肌功能失调，或胃幽门手术等原因，造成含有胆汁、胰液等十二指肠内容物流入胃，使胃黏膜产生炎症、糜烂和出血，减弱胃黏膜屏障功能，导致胃黏膜慢性病变。

两者的区别在于，胆汁反流的患者大部分是因为幽门的病例，而食管反流的患者多以贲门的病变为主，胆汁反流主要的成分是胆汁，食管反流的主要成分是胃内容物。