卵巢囊肿做了手术之后，如果月经不正常，在临床上最常见的就是在手术的过程中，卵巢局部受到相应的刺激。而卵巢本身是属于性腺器官，所以，会周期性的分泌雌激素和孕激素。

如果卵巢局部受到相应刺激以后，可能会影响相应的内分泌而发生改变，所以，会导致月经不正常。这个月经不正常是暂时的，绝大部分经过三个月左右的时间会自行调整过来，所以，建议在临床上要给予细致的观察。

如果过了三个月以后仍然不正常，就建议去医院做性激素六项化验检查，做B超检查，做甲状腺功能检查，主要是了解是否有其他原因导致的月经不正常。必要的时候做B超检查了解子宫内膜情况，然后再做下一步的处理。