当宝宝在妈妈肚子里面因为各种原因缺氧时，肛门松弛，胎粪会排入羊水内，而宝宝在妈妈肚子里面时，肺部是充满羊水而没有气体的，当含有胎粪的羊水进入气管、支气管后，会引起胎粪吸入综合征。

胎粪污染的羊水吸入后损伤，包括机械性损伤，如胎粪堵塞部分气道，导致孩子出生后部分肺出现肺不张，部分肺出现肺气肿，甚至气胸的情况。

还有理化刺激性损伤，胎粪污染的羊水会刺激气道，引起气道分泌物增多或者气道痉挛，还会刺激气道产生炎症反应。