功能性子宫出血治疗后，有些患者没有后遗症，但是也有的患者会出现后遗症，具体情况因人而异。

产生的后遗症主要包括使用激素药物治疗之后，患者出现的肝功能损害、肾功能损害，大量的激素治疗有可能会导致患者发生血栓性疾病，出现向心性肥胖。有些功能性子宫出血的患者，在治疗之后会出现药物撤退性出血，有时流血量多，甚至会出现大出血，严重者需要行刮宫手术进行止血治疗。

患者容易发生失血性贫血，容易发生感染，容易造成盆腔炎症，发生子宫内膜炎、宫腔粘连、慢性盆腔疼痛等。