胰腺囊肿有可能会引起腰痛。胰腺假性囊肿较大时，可能会引起上腹部腹胀和腹痛，疼痛的性质通常为持续性隐痛，并可引起周围牵涉性疼痛，如腰疼、季肋区疼痛。

如果囊肿的性质为囊性肿瘤，尤其是囊腺癌时，肿瘤细胞可能会经过血液或淋巴途径转移至骨骼而引起腰椎转移，从而出现溶骨性骨痛，此时也会出现腰部疼痛不适。

因此，如果胰腺囊性肿瘤当不能排除恶性风险时，需积极手术切除肿瘤送检病理学检查以明确其性质。如果病理提示恶性者，通常需要行根治性切除。