扁桃体发炎有可能会引发头疼的症状出现。

一方面，因为扁桃体属于人体的一种免疫器官。当扁桃体部位出现了炎症感染时，就会刺激身体的免疫力出现免疫应答反应，导致人体出现持续性的发热，甚至是高热的表现。有持续性的体温升高，就有可能会影响到大脑正常的神经功能，造成头疼的现象出现。

另外一方面，扁桃体发炎的炎症感染会导致扁桃体部位的肿大，影响正常的呼吸，引发睡眠呼吸暂停综合征等疾病。导致吸氧量不足，引发缺氧性的头疼。