直肠镜检查时，患者取舒适的体位，在肛门口及直肠镜上涂抹润滑油，将直肠镜从肛门缓缓地插入直肠腔内，送达直肠的起始段，然后进行检查。如果检查的过程中遇到占位性或溃疡性的病变，可以取病变部位的组织送病理检查。

当患者有持续性的肛门坠胀不适、大便带血或者逐渐消瘦等症状，而高度怀疑是直肠病变时，通常首选直肠镜检查。患者常采取的体位为侧卧位、截石位以及膝胸卧位，检查前患者需排大便，防止粪便遮挡肠壁及视野，造成漏诊。

检查时患者需放松心情，必要时可深呼吸，大约两分钟左右就可以完成整个检查。