肝移植后又发现肝囊肿，治疗原则和普通肝囊肿一样，也是根据囊肿的大小以及是否有压迫症状来决定。

如果肝囊肿没有压迫症状，而且直径小于5cm，可以暂时予以观察不用手术治疗。但是，如果肝移植后又发生肝囊肿，而引起的压迫症状或者直径大于5cm，可以进行手术治疗。

手术治疗是以腹腔镜下囊肿开窗术为主要手术手段，然后也可以行经皮肝穿刺术进行囊肿液抽取。但是，这种手术方式比较容易引起复发，目前已不太常用。