扁桃体炎是由病毒或者是细菌感染引起的，当人接触新病毒后就可以发生上呼吸道感染，上呼吸道感染可以导致患者的扁桃体发生炎症，在病毒感染的基础上可以伴发细菌性的感染。

在人扁桃体的隐窝内就可以寄生有细菌，人体在抵抗力正常的情况下，患者不会发生感染。但是当人体的抵抗力下降时，扁桃体部位的细菌就可以入侵扁桃体，导致扁桃体发生炎症。

有些传染性的疾病，比如：麻疹 、风疹、猩红热等疾病，也可以导致患者发生扁桃体炎。