对于儿童口腔疱疹没有特殊的治疗方法，而且该病的病程大多是自限性的，通常它会在1~2星期内自行痊愈。如果治疗，可以使用抗炎、镇痛的药物，如利多卡因，缓解儿童口腔疼痛和瘙痒。

儿童口腔疱疹的全身治疗措施可以为抗病毒治疗，可以口服利巴韦林等抗病毒药物，也可以口服维生素C、维生素B族等维生素类药物。

如果儿童进食困难，甚至无法进食，则可以使用静脉输液的方式给药。如果儿童口腔疱疹伴随发烧症状，应该服用感冒药或退烧药。儿童的免疫力相对成人较差，服药前必须咨询专业医师，防止用药不当，造成严重后果。

口腔疱疹是儿童中非常常见的口腔急性感染性疾病，预防口腔疱疹要注意口腔卫生、远离患者、防止感染。