新生儿眼窝发青，可能有以下几个原因：

第一，局部血液循环障碍、睡眠不佳等潜在疾病，导致眼眶局部血液循环障碍，血氧供给不足，进而呈现眼窝发青的情况。

第二，由于孩子先天性的脾胃功能比较弱导致的，尤其发生在免疫力低下的新生儿，常表现为眼窝发青、胃口不好、食欲不振。

第三，由于先天性心脏病引起的，常表现为眼窝发青、口唇发绀，好发于免疫力低下并常伴呼吸道感染的新生儿，并且呼吸道感染后应用常规的抗生素难以控制，家长要引起重视。