3个月的婴儿能做CT检查。但是如果这个CT检查不是必须要做，或者可以用其他检查方式明确疾病，可以不做。毕竟CT检查是有辐射的，特别是对这么小的孩子正处在生长阶段，可是有些病变或者问题必须要做CT检查，做一次也无妨。

做之前要做好准备工作，这么小的孩子不建议灌肠镇静，可以在孩子熟睡的时候去做检查，检查前对身体的其他部位用铅衣进行遮挡，尽最大努力去减少辐射。

现在的设备都很先进，还有儿童模式的检查扫描包，患者所受到的射线量不会太高，同时做好了放射防护，做一次CT检查也不会对婴儿造成严重危害的。