阿卡波糖片和伏格列波糖片抑制的酶不同，虽然两者都属于糖苷酶抑制剂。但是伏格列波糖抑制的是肠道内的双糖酶；阿卡波糖则同时抑制肠道内的双糖酶和淀粉酶。

这种情况使得口服药物后所出现的不良反应不同，口服阿卡波糖后，可能比较容易出现胃肠道胀气的情况，伏格列波糖由于对淀粉酶没有影响，所以一般不会产生胃胀等胃肠道反应。

阿卡波糖对消化吸收有一定影响，伏格列波糖则影响不大，除了胃肠道反应方面，两者没有太大的区别。临床上，对于胃肠道功能不好的患者，比较适宜选择伏格列波糖。