所有治疗疾病的药物都可能会出现副作用，所以肾病综合征患者，长期药物治疗以后也会出现副作用的。

当然，有些药物副作用是可以避免，有些副作用不能够避免的，副作用的程度也是有轻有重，如果出现了严重的副作用，患者不能够耐受，应该及时停用药物，而且采取相应的对症治疗，比如在用免疫抑制剂治疗肾病综合征的过程中，需要监测肝功能。如果出现转氨酶升高，需要及时的使用护肝药物。如果出现骨髓抑制，白细胞降低，要用升高白细胞的药物治疗。

另外，在用激素治疗的过程中，也会出现精神异常、血糖紊乱等副作用。