肛门疣的治疗包括药物治疗、非手术治疗以及手术治疗。

药物治疗，包括局部药物治疗以及全身药物治疗，局部药物治疗是最主要的治疗方法，主要有5-氟尿嘧啶、三氯醋酸溶液、鬼臼毒素酊等等，而全身药物主要为免疫调节药物，包括干扰素、胸腺肽等等。简易治疗，包括激光、冷冻以及光动力治疗，其中激光、冷冻一般用单个疣体比较大的患者，去除疣体以后，配合光动力治疗隐性病变。

而手术治疗一般用于疣体比较大或者多发性疣体，术后再配合其他治疗方法，防止复发。