新冠病毒变异的直接原因在于基因突变，而可导致基因突变的原因相对较多，其常见于生物自然突变特性，如外界环境刺激、化学毒素刺激等。

新冠病毒为RNA病毒，其基因特性相对较弱，在自然繁衍过程中随时可能出现基因突变，在自然环境当中，存在如高温、寒冷、紫外线照射等自然刺激因素，均可作用在RNA基因上诱发基因突变。

同时，因人类的工业生产较为发达，在自然环境中存在一些化学毒素残留，也可以作用于新冠病毒RNA基础上，存在一定诱发突变的可能。