男性假两性畸形的患者主要是外科手术治疗。因其体内有睾丸，但睾丸过小，且有些患者为隐睾、睾丸功能低下、或者完全是无功能的。

女性内生殖器官发育不完全，卵巢、输卵管不发育或者缺如。所以手术的具体方式根据患者主要性器官的发育水平而定。如女性内生殖器官较睾丸发育好，则行睾丸切除术+外生殖器的整形，阴唇成形、阴蒂、阴道外口增宽等。

如果女性内生殖器官较睾丸发育差，则行睾丸固定术加阴茎成形手术，必要时行尿道下裂修复术等。