早上小便会痛可能为泌尿生殖系统感染性疾病所引起，比如膀胱炎、尿道炎或者前列腺炎。通常还伴有一些排尿不适的症状，比如排尿疼痛、尿频等。

如果为前列腺炎，还会出现会阴部胀痛等症状。如果患有尿路结石疾病，比如尿道结石或者膀胱结石，在早晨小便时结石会移动，对尿路造成损伤，也会出现小便疼痛的症状，可通过泌尿系统CT等检查确诊。

如果在晚上进行性生活时，对尿道造成过度挤压，可能会使尿道受损，也会出现早上小便疼痛的症状。