乳腺囊肿属于乳腺外科。在大的综合性医院，有设置乳腺外科，乳腺囊肿则挂乳腺外科就可以。有些医院没有设置乳腺外科，而是将其与胸外科放在一起，那就挂胸外科。在较小的医院，没有具体划分可是，只有大外科，则只有挂外科。

因乳腺囊肿多见于女性，以及哺乳期女性囊肿，尤其在住院期间因乳汁淤积导致乳腺囊肿，妇产科医师也需要处理，在妇产科教课上也列为妇产科需掌握的。

乳腺增生与月经有关等，所以很多女性会首先请妇产科就诊。乳腺囊肿与妇产科也有联系，大部分妇产科医师会去主动学习了解乳腺相关处理，所以有些乳腺囊肿妇产科也会处理。

但是对于乳腺囊肿进一步处理，如手术治疗，一般还是到外科治疗，到乳腺外科治疗。