鼻内镜检查有一定的副作用。

首先，鼻内镜检查的过程中，如果医生的操作不熟练或者是患者对于鼻内镜检查的配合度不高，就有可能会因为内镜设备触碰或者是摩擦到鼻黏膜或者是其他的组织，而引发出血或者破损的情况。一旦出现上述情况，在鼻内镜检查之后，受损的鼻黏膜就需要一段的时间才可以恢复正常。

其次，如果患者的鼻黏膜因为检查出现了破裂，还有可能会引发患者的检查过程中的疼痛感。部分对于检查疼痛感不能耐受的患者，还有可能会产生相对应的就医心理阴影。