病菌感染的胃炎是可以使用抗生素的。胃炎可以有多种细菌、病毒或者真菌等微生物引起。目前临床上最为常见的是幽门螺旋杆菌，这种病菌可以导致患者出现胃炎、胃溃疡，甚至胃癌的可能性增加。

一旦发现了此类病菌，合并有胃炎的表现，即可给予抗幽门螺旋杆菌的治疗。在药物的选择上，可以选择三联或者四联疗法，均包含抗生素，例如左氧氟沙星、阿莫西林、替硝唑、克拉霉素等。

如果考虑是真菌所引起来的，也可以给予抗真菌的药物治疗，但在使用药物之前，需要明确诊断。