风湿性心内膜炎是风湿热的最重要的病变，主要累及的部位为心脏瓣膜，从而引起心脏瓣膜炎。也可以波及心脏瓣膜附近的心内膜以及腱索，其中最常累及的心脏瓣膜为二尖瓣，其次为主动脉瓣。

在风湿性心内膜炎的病变早期，可以引起瓣膜的肿胀和增厚，在瓣膜的表面引起血小板聚集，形成一些小的疣状赘生物，主要为白色血栓。这种赘生物和心内膜粘连比较牢固，不容易脱落，因此风湿性心内膜炎不容易形成血栓。