新生儿短肠综合征，一般临床医学上，在治疗时主要采取营养支持治疗，具体可根据患儿实际情况，针对性进行处理。

如果是在急性发作期，由于患儿比较小，且肠道无法适应肠黏膜吸收面积的骤然减少，可能会有腹泻等症状，此时一定要遵医嘱用药控制腹泻，并适当地补充液体，控制水、电解质以及酸碱平衡。同时通过全胃肠外营养进行营养支持治疗，需要选择合适的营养制剂。

对于情况比较严重，往往需要采取手术方式进行治疗，具体可遵医嘱来选择合适的手术方式。