直肠内套叠有可能会导致肚子疼，疼痛的位置是位于下腹部，有些会伴有骶尾部疼痛。

直肠内套叠患者的主要症状就是便秘、大便梗阻感以及便后不尽感等。患者在排便的过程中，由于近端的直肠黏膜套入远端的直肠内，会导致患者在排便时不顺畅，出现梗阻感，患者自然就会用更大的力量排便，持续的用力就有可能会导致近端的肠道出现痉挛而引起疼痛症状。

另外由于直肠内套叠大多会伴有盆底肌肉的松弛，有可能会牵拉盆壁内的神经而引起疼痛症状。