肛门疼一般和艾滋病是没有关系，但如果有一些感染艾滋病的患者是因为肛交，特别是男同性恋肛交之后传染的，这种情况肛门疼痛与艾滋病有密切关系。因为肛交有可能会导致肛门以及直肠黏膜损伤，肛门括约肌撕裂，进而引起局部的炎症，导致肛门疼痛。

如果艾滋病患者继发梅毒感染，也有可能会造成肛门局部的皮肤发生溃烂，引起肛门疼痛。

如果继发了肛门尖锐湿疣，也可造成肛门周围出现疼痛伴有瘙痒。肛门疼痛也有可能是其他疾病导致的，如肛周脓肿、肛裂、痔疮等。