相对肛瘘手术比痔疮手术更加遭罪，因为绝大多数的肛瘘为经括约肌型肛瘘，所以肛瘘手术创口偏深，术后切口疼痛感觉会比较明显。

其术后的护理相对于痔疮术后比较麻烦，而且其术后切口的愈合时间相对于痔疮也比较久。特别是对于一些高位复杂性肛瘘，其手术治疗的难度比较大，而且还有比较高的术后复发率，可能术后还需要行挂线术，切口的愈合时间也会大大的延长。

但对于一些地位、瘘管偏浅的肛瘘，其术后的恢复和痔疮差不多，所以具体哪个手术更加遭罪应该具体情况具体对待。