女性肿瘤标志物与男性大致相仿，但女性有几个相对特殊的肿瘤标志物。例如用于辅助诊断卵巢癌及输卵管癌的糖类抗原125、辅助诊断乳腺癌的糖类抗原153、辅助诊断绒毛膜癌的绒毛膜促性腺激素等。

除此之外，其他肿瘤标志物有用于诊断肺癌的癌胚抗原、神经元特异性烯醇化酶、鳞状细胞癌抗原、细胞角蛋白等指标，用于诊断肝癌的甲胎蛋白、癌胚抗原等。用于诊断胰腺癌的糖类抗原199、糖类抗原724以及癌胚抗原等。