婴儿痤疮的病因尚未明确，临床上认为和婴儿激素水平异常、遗传因素等有关。

1.激素水平异常。婴儿在胎儿时期从母体中获得雄性激素过多，而出生以后母源性雄激素可刺激婴儿皮脂腺增生、分泌旺盛，从而导致皮脂过多，排出受到阻碍从而形成角质栓也就是痤疮。此外，婴儿接触到矿物油、口服溴碘等药物，会影响体内的激素水平从而引发痤疮出现。

2.遗传因素导致。如果婴儿的父母患有重度痤疮病史，则容易导致婴儿也出现痤疮，而且男孩痤疮一般会多于女孩。