在临床上治疗种痘的并发症，首先要明确具体的发病原因和类型，然后采取对症处理。

如果是散发性牛痘疹、牛痘样湿疹、坏疽性牛痘疹等病毒感染导致的皮疹，可以采取人血丙种球蛋白、干扰素、胎盘球蛋白等进行肌肉注射。如果患者伴有皮肤损害或者发热的症状，可以配合使用抗生素进行治疗。

如果是继发感染的患者，可以采取磺胺类药物以及抗生素类药物进行对症治疗。如果患者是由于皮肤病所导致并且出现症状加重的现象，要积极的治疗原发病。