肺炎支原体经飞沫由呼吸道吸入感染，儿童和青少年易感。对于肺炎支原体所致的上呼吸道感染，没有必要使用抗微生物治疗。

肺炎支原体肺炎病情一般呈良性经过，但发热可持续1到3周，咳嗽可长达6周，肺炎支原体肺炎具有自愈性，且大多数情况下没有生命危险，抗微生物药物的治疗将明显缩短病程，减少咳嗽及单位体积痰液所含病原体的数量，从而降低了传播性。

肺炎支原体没有细胞壁，对于内酰胺类抗生素不敏感，如青霉素和头孢类效果不好。治疗肺炎支原体呼吸道感染的主要药物仍然是大环内酯类，四环素抗肺炎支原体非常有效，但儿童不宜使用，红霉素因为胃肠道不良反应，如恶心、呕吐、腹痛和腹泻，许多患者不能坚持治疗，阿奇霉素比红霉素抗菌谱更广，阿齐霉素体外抑菌浓度强以四环素。另外，喹诺酮类也对肺炎支原体治疗有一定的疗效，疗程一般为10到14天。