肛瘘对人体有比较明显的损害，并且持续时间越长，损害越大。

肛瘘属于一种慢性的化脓性疾病，可以引起肛门反复的肿痛流脓等症状，迁延不愈，保守治疗仅能暂时缓解症状，想要根治只能依靠手术治疗。如果不及时治疗，肛瘘会反复发作，炎性物质的刺激并引起肛门括约肌纤维化失去弹性，影响肛门的功能。肛瘘发作后，肛周会感觉胀痛明显，患者不敢坐或者不能久坐，严重影响日常的生活和工作。

另外，肛瘘发作时会产生比较多的脓液，散发出比较浓的异味，对患者的心理健康及社交活动也会产生极大的影响。