卵巢囊肿大多数在早期没有明显的临床症状，卵巢囊肿有不同的种类，分为生理性囊肿、子宫内膜异位囊肿和炎性囊肿。

生理性囊肿大多发生在在月经后半期，排卵过后形成的黄体囊肿，黄体囊肿一般没有明显的症状，个别情况下出现黄体囊肿的破裂，引起下腹疼痛，伴有肛门坠胀感，有的时候还会出现盆腔抚摩的刺激症状。子宫内膜异位囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，子宫内膜异位症大多数会出现有痛经，或者是不孕症的现象。

另外，子宫内膜异位囊肿还会出现囊肿的破裂，造成急腹症，囊内的陈旧性血液流入到盆腹腔刺激腹膜，引起严重的腹痛，炎性囊肿往往会出现腹痛和发烧的症状。