流感后期咽喉疼痛可能是因为细菌等病原微生物侵入咽喉部位，诱发机体产生炎症反应导致急性咽喉炎，引起咽喉疼痛。

咽喉疼痛时可遵医嘱服用消炎类药物，抑制体内病原微生物的生长和繁殖，也可遵医嘱服用清咽利喉类药物，缓解咽喉疼痛的症状。

咽喉疼痛时尽量避免长时间大声说话，尽量保持清淡的饮食，不要吃辣椒等刺激性的食物。这段期间要多喝温开水，保持室内空气的湿润。尽量不要接触粉尘、废气等容易引起过敏性的物质，尽量减轻对咽喉的刺激。