先天性心脏病是有一定的遗传性的，临床上常常见到一部分先天性心脏病患儿，家族里边也有其他人患有先天性心脏病或者其它先天性疾病。

先天性心脏病的发生跟怀孕早期一般指孕前两个月内感染病毒有关，最常见的有麻疹病毒、水痘病毒、手足口病毒等，以及不良的生活习惯，比如大量的吸烟喝酒，不正确的服用具有导致胎儿畸形的药物是有一定的关系的。

一部分先天性心脏病的患儿，同时都伴有其他部位的先天畸形，比如唇腭裂。